Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Parepare, berlokasi di Jalan Amal Bakti No. 8, Kelurahan Lembah Harapan Kecamatan Soreang Kota Parepare Sulawesi Selatan Pada mulanya merupakan peralihan status dari Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Parepare menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Parepare yang diresmikan pada tahun akademik 1997/1998, berdasarkan KEPRES No. 11 Tahun 1997. Ia merupakan satu-satunya Perguruan Tinggi Negeri dalam kawasan Pembantu Gubernur Wilayah II Sulawesi Selatan. Sebelum beralih status menjadi STAIN Parepare, merupakan hasil pengintegrasian dari Fakultas Tarbiyah Universitas Darud Dakwah Wal Isryad (DDI) yang didirikan pada tahun 1967, dipelopori oleh beberapa tokoh pendiri, sebagai berikut: Pelindung, Danrem 142 Parepare Kolonel Musa Gani (Almarhum); Ketua I, K.H. Abd. Rahman Ambo Dalle (Almarhum); Ketua II, K.H. Muhammad Abduh Pabbajah; Ketua III, K.H. Lukman Hakim (Almarhum); Sekretaris, H.M. Radhy Yahya (Almarhum); dan Sekretaris I, H.M. Arief Fasieh. Sedangkan sebagai Pembantu, yakni: (1) K. As’ad Ali Yafie (Almarhum); (2) Abd. Rasyid Rauf (Almarhum); (3) Abd. Malik Hakim (Almarhum); (4) H.S. Mangurusi (Almarhum); dan (5) H. Abdullah Giling.

Berdasarkan Surat Keputusan Rektor IAIN Alauddin No. 6 Tahun 1967, maka berdirilah Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Parepare dengan status Filial (cabang) dari Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Makassar. Pada masa perkembangannya, Perguruan Tinggi ini masih dalam tahap pembenahan dalam berbagai aspek, baik dari segi fasilitas, sarana dan prasarana, maupun dalam peningkatan sumber daya manusianya. Untuk sarana dan prasarana masih mempergunakan gedung pinjaman dari DDI Parepare, sedangkan tenaga pengajar yang tersedia masih sebatas dosen-dosen luar biasa. Di samping itu jumlah mahasiswanya pun masih sangat sedikit.

Atas semangat kerja keras untuk membangun dan mengembangkan lembaga yang cukup representatif dan memiliki orintasi religius dan humanis ke depan, maka Pendidikan Tinggi Islam ini, melalui kerja sama para pembina dan seluruh komponen terkait, dosen, karyawan dan dukungan moril pemerintah daerah serta masyarakat setempat, maka Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Parepare mengalami perkembangan yang menggembirakan. Dalam kurun waktu 14 tahun, status Fakultas Cabang ditingkatkan menjadi Fakultas Madya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI No. 61 Tahun 1982. Atas dasar itulah, maka pada tahun akademik 1982/1983 program sarjana dibuka sesuai petunjuk pelaksanaan Surat Keputusan Rektor IAIN Alauddin No. 45 Tahun 1982.

Tahun demi tahun, Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Parepare terus berbenah diri hingga mengalami kemajuan yang cukup pesat, baik dari segi sarana dan prasarana maupun dalam peningkatan kualitas sumber daya manusia dalam hal ini tenaga pengajar. Hal ini ditandai sejak tahun 1982 sampai saat ini telah memiliki kampus sendiri lengkap dengan sarana perkuliahan, perkantoran, aula serba guna, gedung para dosen, perpustakaan, laboratorium bahasa/komputer, mushalla dan gedung sarana lainnya yang cukup representatif dalam menjalankan proses pembelajaran.

Perubahan status dari Fakultas Tarbiyah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Parepare merupakan tuntutan dalam dunia pendidikan yang semakin kompetitif serta desakan kebutuhan dan aspirasi masyarakat Islam dalam menghadapi persaingan global yang penuh tantangan. Berdasarkan Kepres No. 11 Tahun 1997 sebagaimana yang disebutkan di atas, maka status Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin berubah menjadi STAIN Parepare disusul Keputusan Menteri Agama No. 338 Tahun 1997 tentang status STAIN dan pedoman peralihan status Fakultas Tarbiyah dalam lingkungan IAIN di daerah menjadi STAIN, dan Surat Edaran Direktorat Jenderal Pembinaan Agama Islam tentang Petunjuk Pelaksanaan STAIN serta Surat Keputusan Menteri Agama RI No. 305/1997 tentang Organisasi dan Tata Kerja STAIN Parepare.

Secara berangsur-angsur lembaga pendidikan tinggi ini secara kelembagaan mengelolah sendiri segala kebutuhannya dan dinyatakan terlepas dari jalur mekanisme IAIN Alauddin (sekarang telah berubah menjadi UIN) Makassar. Selanjutnya secara organisasi STAIN Parepare menjadi unit organik Departemen Agama Pusat dan bertanggung jawab langsung kepada Menteri Agama RI, yang pembinaannya secara fungsional dilaksanakan oleh Direktorat Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI.

Sekarang ini, STAIN Parepare senantiasa secara terus menerus melakukan peningkatan pengelolaan, melakukan pembenahan secara intens, dengan membangun infrastruktur, sarana dan prasarana, perluasan area kampus dengan tetap mengutamakan peningkatan kualitas pengelolaan kelembagaan, mahasiswa dan lulusanya. Upaya capaian kualitas lulusan sebagaimana dicanangkan, dilaksanakan dengan proses pembenahan struktur organisasi secara struktural dan non-struktural. Sementara peningkatan akademik, dilakukan dengan pembenahan seluruh komponen yang terkait dengan proses pembelajaran, utamanya peningkatan sarana-prasana penunjang dan pengelolaan kurikulum perkuliahan pada masing-masing jurusan. Mengingat sejumlah orientasi pengembangan semakin signifikan disikapi, utamanya terhadap epektifitas dan efisiensi manajerial kelembagaan utamanya dalam pelayanan jurusan, program studi, seluruh unit kelembagan, penataan sarana dan prasarana bagi mahasiswa, dosen, pegawai senantiasa ditingkatkan. Tidak terkecuali melakukan peningkatan kualitas pelayanan akademik dengan menggunakan sistem jaringan inforrmasi berbasis teknologi dan informasi, dalam melakukan pelayanan, baik secara internal maupun eksternal kampus, sehingga akses informasi dapat dilakukan secara on line.

Akhirnya, wujud nyata kemajuan ditunjukkan dengan langkah Transformasi STAIN Menjadi IAIN Parepare secara resmi melalui Peraturan Presiden RI Joko Widodo Nomor 29 tanggal 5 April 2018, dan diresmikan oleh mentri agama H. Lukman Syaifuddin.